В 2023 году Фернандес возглавил ватиканскую Дикастерию доктрины веры — церковную организацию, которая следит за чистотой католического вероучения и морали. Она была основана в XVI веке и более известна под своим первоначальным названием: инквизиция. У Фернандеса много противников среди консервативных католиков, которые считают его вдохновителем наиболее радикальных изменений церковной политики, произошедших при Папе Римском Франциске .
Недавно на Фернандеса обрушилась новая волна критики. Ее вызвали публикации католиков-традиционалистов из Италии и Аргентины , отыскавшим его книгу «Мистическая страсть: духовность и чувственность», которая не издавалась с 1998 года. Она содержит его рассуждения о сексуальном влечении, порнографии, доминировании и роли удовольствия в плане Господнем. В одной из глав Фернандес утверждает, что женщины «часто бывают ненасытны». Причиной этого он назвал прилив крови во время оргазма.